Emin Alper Boğaziçi Üniversitesi’nde İktisat ve Tarih eğitiminin ardından, aynı üniversitenin Atatürk İlkeleri ve İnkılap Tarihi Enstitüsü’nde Modern Türkiye Tarihi üzerine doktora derecesini aldı. Rıfat (2006) ve Mektup (2005) adlı kısa filmlerinin ardından yönettiği ilk uzun metrajlı filmi Tepenin Ardı (2012) Berlin Film Festivali Caligari Film Ödülü ve Asya Pasifik En İyi Film Ödülü’nün yanı sıra birçok ödül aldı. Halen İstanbul Teknik Üniversitesi İnsan ve Toplum Bilimleri Bölümü’nde dersler vermektedir.